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改革后的红莲堂由诸葛亮出任总掌——这一称呼借鉴自东大乘教——负责掌握教内武装力量，并直接对康宁负责。
与此同时，和红莲堂同等级别的几个分支机构也在组建的过程之中，之所以说是分支机构，是因为康宁已经计划好设置一个具有常规决策管理职能的机构。
在咨询大图书馆副馆长阿克顿勋爵之后，康宁决定从罗马帝国进口一份土特产：元老院。
元老院在罗马帝国和共和国时期，长期作为一个审议团体，甚至在某段时间内，实际履行了立法职能。然而，康宁设置元老院的目的，却不是将在二十一世纪的见识，束缚在十八九世纪的牢笼之中。
所以他大大的削弱了元老院的权利。
第一，强调元老院没有立法权，该项权利由专门的，隶属于元老院的法学口掌握。元老院只有审议权，否决权。同时，元老院院长，实际上的教主康宁，拥有最终否决权，免审议立法权。
第二，元老院的本质，是一个形式上巨大，实际上有效成分很小的权力机构，然而它却是教内最高权力机构。他的职能，相当于北宋时期的中书门下。但是它的提案权，包括但不限于立法权，掌握在各个专业委员会手中。
第三，元老院的构成，罕见的，甚至可以说是史无前例的采取四院制。
上议院，俗称总掌联席会议。规模不大，由各个分支机构，包括职能机构、地方分支、教有资产的实际掌控人。对其他三个议院的提案拥有复核权、质询权、否决权。
左议院，俗称参谋长联席会议，负责教众和文罴商行极其殖民地的安全策划，拥有调兵权、提案权。
右议院，俗称三级四民会议。这里的三级会议和法兰西人的三级会议并不相同，它实际上由三个串联起来的机构组成，包括内法堂、专业审查委员会和四民会议。
内法堂，名字借鉴自秘密教门，实际职能却接近御史台，拥有质询权、弹劾权。弹劾对象包括但不限于院长在内的所有教内公职人员。
专业审查委员会，是针对各个专业委员会的提案进行专业审查的委员会，设计的时候准备让他行使六科给事中的权力，但因为人选过于专业，且与相关专业人员有着无法剪断的密切联系，以至于在成立之后很长一段时间，沦为专业委员会在右议院的发声筒，四民会议和内法堂的科普人。
四民会议，在康宁离开山东之时就决定成立的议会机构，包括但不限于士农工商四种基本百姓。行使监督权、质询权、提案权等权利。
这三个机构的权力依次降低，结合起来行使检查监察职能。内法堂人员由教主兼院长的康宁任命，专业审查委员会由大图书馆提名，并由大图书馆提供顾问咨询，四民会议由内部选举产生，院长任命。内法堂堂主兼任右议院议长。
下议院，主要由各个专业委员会以及独立议员组成，是一个不完全独立的议会性质的结构，说它缺少独立性，是因为大部分人员都由专业行业的翘楚兼职，缺少康宁将来最需要的监督机制。人选由专业审查委员会提名，或者院长直接任命。
元老院作为一个整体，除了已成立或者计划成立的几个政府性质的职能单位之外，还直属几个特殊机构。
大图书馆，对外招牌是独树楼——名称是因为门口只有左侧有一棵大树，本来右侧移植了一棵，不过没养活，后来有好事者说这个名字的谐音是读书，刚好符合大图书馆的内涵，说以就以此定名。它作为转生者们的最大数据库，记载了大多数九六时空已知的知识，并汇聚且即将汇聚更多的古往今来的大贤大能之人。
大图书馆还包括两个骑兵连和一个步兵营。他们协同作战可以保证里面的重要人员在遭遇突袭的情况下，紧急撤离。
同时，他的旁边就是元老院的另外一个特殊机构，契卡。
契卡的名称借鉴自俄国十月革命时期，捷尔任斯基创立的强力机构。目的是在全国范围内消灭和制止***和怠工行为，将其积极分子交由法庭处理，同时还进行前期侦查和预审。但在这里，他的能力也被削弱，同时被赋予了反贪腐和审计职能，更多的像是一个大号的廉政公署。
有鉴于康宁商业立国的构想，反贪腐工作就变得极为重要，所以用契卡这么一个强力色彩浓厚的名字替换掉廉政公署，也是大势所趋。至于已经存在或即将出现的反商行分子，则交由另外一个特殊机构来处理。
它就是刘桃枝领导的军情七处。就连其它穿越者，也在他的侦察范围之内。
契卡和军情七处都拥有自己的武装力量，其中军情七处还不止一支，但都相当隐秘。
至于具备政府职能的各个堂口，地方政府职能的各个分舵，自然也都是元老院的下属机构。只不过各个总堂还在建设之中，分舵还是老旧的组织形式。前者需要逐渐向政府部门看齐，争取在制度构建上建立对明朝的优势，后者需要向元老院看齐，做成一个个精简版的，由中央总堂派出人员组建的，拥有较全面职能的地方单元。
当然，元老院也存在他的弊端，比如部分构成实质上已经构成行政部门，将来如若建国，必然需要裁撤改进，但康宁现在更需要专业人才更好的发挥自己跌才能，所以必须给他们施展才华提供足够的条件，这其中就包括话语权。
所以，专业委员会所组成的下议院，是整个元老院当中，目前最被他看中的机构。目前，大规模的对外战争还不可能，武器的改良和制造反而是重中之重，监督权在发展初期虽然需要打好基础，塑造良好风气，但大多数转生者都能管好自己，而且关系到人类将来的生死存亡，所以一般不会出乱子。至于那些土著，塑造良好作风的任务，更多的是教育口的工作。
教育口是继国防军工口之后，又将成立的职能部门，康宁恶趣味的为之取名，黄莲堂。